Erro do sistema.

Bom, minha dúvida é a seguinte. Por que quando eu removo todas as empresas do sistema e não funciona ou torna impossivel inserir alguns modulos?

Para poder adequar o mesmo de acordo com o meu seguinto, parti do principio de pegar o modulo minimal e ir inserindo informações, mas continha algumas como excluir empresas, produtos e etc que são impossiveis de mexer há alguma solução para isto.